色は宝石の中で最も目立つ要素です。しかし、色だけで宝石を識別したり分類したりすることはできません。

天然の透明な宝石はたいてい鉱物です。鉱物は、種、品種、時にはグループによって分類されます。 

鉱物種は、共通の化学組成と結晶構造によって定義される。鉱物種の例としては、ベリル、コランダム、水晶などがある。品種とは、種の下位区分であり、色、透明度、現象（Asterism、Chatoyancy、Play of Color）などに基づいている。鉱物の品種の例としては、エメラルド、ルビー、シトリンなどがある。グループは、化学組成や結晶構造、性質が似ている2つ以上の鉱物種で構成されます。宝石の中には、有機物の宝石（真珠）であったり、天然ではないために鉱物ではないものもあります。  

ベリル

エメラルド、アクアマリン、モルガナイト

ベリルの中ではエメラルドが最もポピュラーでよく知られており、次いでアクアマリン、モルガナイトとなっています。また、ヘリオドール（イエロー）、マキシュー（ブルー）、レッドベリルなど、あまり知られていない品種もあります。  

コランダム

ルビー、サファイア

ルビーとサファイアは、コランダムの中でも最も人気のある宝石の一つです。ルビーはコランダムの中でも特に赤い色をしており、サファイアは虹色の色をしており、中でもブルーサファイアが最も人気がある。  

トルマリン

トルマリンは、商業的に最も重要な宝石の一つであり、多数の色があります。トルマリンには、豊かな赤、パステルピンク、強烈な緑、深い青、鮮やかな黄色などの鮮やかな色があります。パライバトルマリンは銅を含むトルマリンで、ネオンブルーやグリーンなどの色がある。パライバトルマリンは銅を含むトルマリンで、ネオンカラーのブルーやグリーンがあり、カラットあたりの価格は宝石の中でも最も高いもののひとつです。  

ガーネット

トルマリンと同様に、ガーネットも同じ鉱物グループに属し、同じ結晶構造を持っていますが、化学組成が若干異なるため、異なる色を持っています。宝石の中で最も重要なガーネットの種類は以下の通りです。パイロープ、アルマンディン、スペサルティン、グロスラー、アンドラダイト。また、ガーネットの品種には以下のようなものがあります。 

オパール

オパールは、内部の整然とした分子構造と白色光との相互作用によって生じる、感動的な色の戯れで知られています。オパールには様々な種類があり、背景色（ボディカラー）によって分類されます。一般的なオパールは、ブラックオパール、ホワイトオパール、ウォーターオパール、ファイヤーオパール、ボルダーオパールなどがあります。  

タンザナイト

タンザナイトは、1967年にタンザニアのメレラニ丘陵でマサイ族の人々によって初めて発見されました。タンザナイトの名前は、発見された国にちなんでティファニーが命名した。発見されて以来、タンザナイトは最も人気のある宝石の一つとなった。

スピネル

歴史的に多くの宝石がルビーと誤認されていましたが、後にスピネルと認識されるようになりました。スピネルには、赤やピンク、紫や青、青緑など様々な色があります。  

ChrYsoberyl

アレキサンドライト、キャッツアイ、クリソベリル

アレキサンドライトとキャッツアイクリソベリルは、クリソベリルの中でも特に希少性が高く、人気の高い驚異的な品種です。アレキサンドライトは色が変わることで知られており、キャッツアイクリソベリルは見事なシャトヤンシー（猫の目）を示します。  

翡翠

翡翠は何千年もの間、特にアジアで大切にされてきた宝石です。翡翠には様々な色がありますが、グリーンが最も人気があり価値があります。  

オーガニック・ジェム

コーラル、パール

有機物由来の宝石とは、植物や動物などの生命体に由来する宝石のこと。パールやコーラルなどがある。有機宝石は植物や動物に由来するため、環境への配慮からワシントン条約という世界的な条約が結ばれた。その目的は、無秩序な取引から環境を守ることにある。